A Faculdade de Farmácia e Odontologia do Estado do Rio de Janeiro foi fundada em 24 de fevereiro de 1912, por iniciativa de um grupo de médicos, farmacêuticos e dentistas. Em junho do mesmo ano foi proferida pelo Professor Mário Carneiro Leão a aula inaugural de seus cursos.
Os primeiros cursos farmacêuticos foram criados no Brasil durante o período das regências, a partir da lei de reforma do ensino médico de 3 de outubro de 1832. Estes funcionavam, contudo, vinculados às escolas oficiais de medicina que eram a Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro e Faculdade de Medicina da Bahia. Com a implantação do regime republicano e promulgação de sua primeira Constituição, em 1891, a iniciativa de criar escolas de nível superior pelos Estados foi facilitada. A Constituição republicana propunha um sistema educacional descentralizado, cabendo ao Congresso Nacional e à União legislar sobre o ensino superior, secundário e primário do Distrito Federal. Em contrapartida, aos Estados era permitido organizar seus sistemas escolares completos. Nesse contexto, a partir do início do século XX, vários cursos de ensino da área médica de nível superior, principalmente os de farmácia e de odontologia, começaram a surgir nas capitais ou mesmo nas cidades mais importantes dos principais Estados do país. A escassez de recursos para implantação do ensino médico explica, em parte, a escolha pelos cursos menores e, por isso, menos dispendiosos. Já no final do século XIX, foram criadas a Escola Livre de Farmácia e Química Industrial de Porto Alegre e a Escola Livre de Farmácia de São Paulo, e no início do século XX, nas regiões norte e nordeste as Escola de Farmácia de Pernambuco e Escola de Farmácia do Pará. Os cursos de medicina nestes lugares, muitas vezes originou-se a partir desses cursos de farmácia e odontologia.
A cidade de Niterói, como capital do antigo Estado do Rio de Janeiro, também teve sua Faculdade de Farmácia e Odontologia nesta época, sendo a primeira instituição de ensino superior a ser implantada no Estado. A sua sede ficou instalada inicialmente na rua Presidente Domiciano, diplomando os primeiros odontólogos em dezembro de 1913 e farmacêuticos um ano depois, tendo como diretor naquela época o cirurgião-dentista Xenophontes Lopes de Abreu.
Em 13 de março de 1919, a Faculdade foi equiparada pelo Governo Federal às escolas congêneres do país de acordo com a reforma de ensino Carlos Maximiliano, instituída pelo decreto nº 11.530 de 18/03/1915, que tornava obrigatória a adoção dos programas oficiais. Naquela ocasião, foi nomeado para primeiro inspetor da instituição Alexandre Stokler Pinto de Menezes. Em julho do mesmo ano, durante a gestão do professor Abelardo Alves de Barros, o Conselho Superior de Ensino aprovou seu Regimento Interno.
Dois anos depois, a Faculdade de Farmácia e Odontologia do Estado do Rio de Janeiro ganhou uma sede própria localizada na rua Almirante Teffé, nº 637, antigo Largo da Memória, atual Praça do Rink. Esta sede foi projetada pelo engenheiro Alvaro Augusto Frias Villar, ex-aluno e professor da Faculdade. Depois disso, o estabelecimento passou por um período em que teve suspensa sua condição de instituto equiparado. No entanto, em 1926, devido à iniciativa do professor Fernando de Carvalho Soares Brandão conseguiu novamente sua equiparação que se manteve até 1930. Nessa fase, o quadro de professores que estava incompleto foi preenchido com Hildebrando Portugal, Cordova Piedade, Manoel Duarte e Gentil Achilles Vivas. Em 1930, a Faculdade voltou a perder sua equiparação, porém voluntariamente, com o intuito de ser incorporada à Faculdade Fluminense de Medicina, criada em 1925. Essa incorporação chegou a ser aprovada pelo decreto estadual nº 2.450 de 25/09/1929. No entanto, a fusão duraria poucos meses. No ano de 1931, a instituição sofreu nova reorganização, tendo à frente Fernando de Carvalho Soares Brandão, quando então seu corpo docente foi renovado. De acordo com o relatório elaborado pelo professor Maurício de Medeiros, designado pelo Ministério da Educação e Saúde Pública, a Faculdade tornou-se um instituto livre. No dia 11 de abril daquele mesmo ano foi emitido parecer favorável pelo então Conselho Nacional de Educação, passando a ocupar o cargo de inspetores neste período Joaquim Jorge Jobim, em caráter interino, e João Severiano Rodrigues da Cunha, em caráter efetivo.Em 1936, de acordo com um dispositivo aprovado no texto da Constituição Estadual do mesmo ano, a instituição foi incorporada ao patrimônio do Estado. Pelo decreto federal nº 1.685 de 31/05/1936, foi novamente equiparada.Foram realizados, então, os primeiros concursos para ocupação das cadeiras vagas, sendo admitidos os professores Antônio Ribeiro da Silva Filho e Euclydes de Carvalho.Contudo, ainda em 1937, em decorrência do decreto-lei governamental que obrigara a maioria dos professores que exerciam funções públicas a optarem por um único cargo, a Escola acabou desligando-se do patrimônio do Estado pelo decreto nº 385 de 26/03/1938, voltando a ser um instituto livre. Pelo decreto-lei nº 2.549 da mesma data, o Governo Federal concedeu à Faculdade as regalias de inspeção permanente, sendo nomeado inspetor Francisco Rosas. O reconhecimento oficial de seus cursos só se deu em 5 de abril de 1945, pelo decreto nº 18.292; e sua federalização através da lei nº 3.077 de 29/12/1956. Finalmente, a Faculdade foi incorporada à Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (UFERJ) – pela lei nº 3.848 de 18/12/1960, quando sofreu modificações, desmembrando-se. A Faculdade de Farmácia tornou-se autônoma, ao passo que seu curso de odontologia fundiu-se com a Escola de Odontologia anexa à Faculdade Fluminense de Medicina, que tornara-se autônoma desde 1958, pela lei n° 3.463, de 20 de novembro.Pela lei nº 4.831, de 05/11/1965, a Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro passou a denominar-se Universidade Federal Fluminense.Fundadores/Diretores:Fundadores: Padre Etienne Inácio Brasil (educador); Mário Romitz e Mário Carneiro Leão (médicos); Lindolfo Collor (farmacêutico); Coelho de Souza e Xenophontes Lopes de Abreu (cirurgiões-dentistas).Diretores: Xenophontes Lopes de Abreu (1912- ); Abelardo Alves de Barros (1919-) Fernando de Carvalho Soares Brandão (anos de 1930).Outros membros que fizeram parte da Congregação nos primeiros anos de seu funcionamento: Arnaldo Black Sant’Ana, Antônio Maria Teixeira, Arnóbio Monteiro, Athos Aramis de Mattos, Francisco Bellagamba, Gerson Tavares Rodrigues e Joaquim Virgílio Teixeira Leite. Professores que ingressaram a partir de 1931: Durval de Almeida Baptista Pereira, Francisco Leite Bittencourt Sampaio Netto, Luiz Affonso de Faria, Samuel da Silva Pereira, Fernando Pinheiro de Souza Tavares, Ermiro Estevam de Lima e os irmãos Eurico e Juruena de Mattos.